A Universidade Federal Fluminense foi criada em 1960 com o nome de Universidade Federal do Estado do Rio de Janeiro (UFERJ) através da agregação de Escolas Federais, Estaduais e particulares. Em 1965, após serem federalizadas e incorporadas, essa união passou a ser denominada Universidade Federal Fluminense. O Decreto Nº 62.414, de 15 de março de 1968, estabeleceu uma reestruturação da Universidade Federal Fluminense, que passou a se constituir de vinte unidades de estudos básicos e de aplicação, entre as quais o Instituto de Matemática. Em 25 de agosto de 2010, o Conselho Universitário da UFF aprovou a mudança de nome do Instituto de Matemática para Instituto de Matemática e Estatística – IME, cujo Regimento Interno pode ser viso aqui.